Pio atya egy azon kevés szentek közül, akik Krisztus szenvedésének a jeleit hordták a testükön, a stigmákat. A köröm-környéki, illetve a lándzsa okozta sebek mellett Szent Pio magán hordozta azokat a sebeket is, amik Jézuson a kereszt cipelése miatt jelentek meg a váll környékén, amiről azért tudunk, mert Jézus felfedte Szent Bernátnak.

Pio atya sebéről az egyik barátja és lelki fia szerzett tudomást, Modestino testvér Pietralcinából. Ő Pio atya hazájából származott és számos belföldi szolgálatban volt segítségére. A jövőbeli szent egy nap elmondta neki, hogy iszonyú fájdalmakkal jár neki az öltözködés. Modestino testvér először nem értette, hogy ez vajon miért lehet és azt feltételezte, hogy Pio atya arról a fájdalomról beszél, ami az oldalán lévő seb és a felső ruházat érintkezéséből fakad. Az igazságra csak Pio atya halála után jött rá, amikor a lelki atyja miseruháit rendezgette. Modestino testvérre hárult a feladat, hogy összegyűjtse majd lepecsételje Pio atya dolgait. A pap atlétájának a jobb vállhoz eső részén, a lapocka környékén talált egy foltot.

A folt mintegy 4 hüvelyk volt (olyasmi, mint a Torinói Leplen található). Majd rájött, hogy Pio atyának azért okozott ekkora fájdalmat az öltözködés, mert egy nyílt seb tátongott a vállán.

„Azonnal értesítettem a felettes atyát” – emlékezett vissza Modestino testvér, akit elöljárója arra kérte, hogy írjon egy rövid jelentést, és emellett hozzátette: „Pellegrino Funicelli testvér, aki szintén évekig segítette Pio atyát, azt mondta, hogy több alkalommal amikor segített az atyának az öltözködésben, a gyapjú felső váll részén – néha jobb, néha baloldalt – egy cirkuláris vérömlenyt fedezett fel.”

Wojtyla, a bizalmasa

Pio atya senkinek nem beszélt erről a sebéről, kivéve a jövőbeli II. János Pál pápát. Biztos, hogy oka volt annak, hogy csak a szent testvért avatta be az atya ebbe a titokba. Francesco Castello történész írt egy találkozásról Karol Wojtyla és Pio atya között, San Giovanni Rotondoban, 1948 áprilisában. Ez az után történt, hogy Pio atya mesélt a jövőbeli pápának a „legfájdalmasabb sebről”.

Később Modestino testvér arról számolt be, hogy Pio atya halála után közelebb segítette a megértéshez:
Egyik este, mielőtt aludni mentem volna, egy kérést fogalmaztam meg Pio atya felé imában. „Drága atyám! Ha tényleg viselted magadon ezt a sebet, kérlek adj nekem egy jelet!”
Majd lefeküdtem aludni. De éjjel 1:05-kor egy nyilalló fájdalom hatolt a vállamba, amire felkeltem. Olyan volt, mintha valaki megragadott volna egy kést, majd kihasított volna egy darabot a lapockámból. Ha néhány perccel tovább tartott volna a fájdalom, belehaltam volna. Mindeközben egy hangot hallottam, ami ezt mondta: „Így szenvedtem”. Egy erős illat csapott meg és betöltötte a szobát. Azt éreztem, hogy a szívem megtelik Isten szeretetével.
Majd egy furcsa érzet ébredt bennem: az, hogy ezt az elviselhetetlen fájdalmat elvették tőlem, még nehezebbnek tűnt, mint elviselni azt. A test el akarta utasítani, de a lélek vágyott rá. Iszonyúan fájt és édes volt egyszerre! Végre megértettem!