A szent pápa Umbria szülöttje volt, a Tiberis folyó partján fekvő Todi városban született 590 körül. Életrajzírói szerint nemesi származású volt, iskoláiban hamar kitűnt tiszteletet parancsoló értelmével, nagy szorgalmával és a szegények iránti érzékenységével. Szívében felismerte élethivatását, és pap lett belőle. 642-ben I. Theodorus pápa konstantinápolyi követének nevezte ki, és a birodalmi fővárosba küldte. Pápai legátusként öt éven át figyelte a bizánci császári udvar politikai légkörét, illetve az ott uralkodó teológiai vitát, amelyet a kalcedoni zsinat váltott ki a Jézus két természetéről szóló tanításával.

A bizánci császárok e tanítás ellenzőinek egységesítő formulákat kínáltak föl, hogy helyreállítsák az Egyház egységét s a békét. 638-ban Hérakleiosz császár is közzétett egy ilyen formulát, de kétértelmű fogalmazása további szakadáshoz vezetett. II. Konstans császár hatalmi szóval akart véget vetni a teológiai vitáknak, végképp betiltva azokat.

Amikor Theodorus pápa betegeskedni kezdett, Márton visszatért Rómába, s a pápa halála után a római zsinat 649. július 21-én őt választotta meg az egyház vezetésére. Innentől kezdve a monofizitizmus, a Krisztusban csak egy istenemberi természetet elfogadó eretnekség ellen folytatott vita határozta meg rövid pontifikátusa gerincét, és vezetett el vértanúhaláláig.

A történelembe 74. pápaként bevonuló lelkes és vakmerő egyházfő nemcsak császári megerősítés nélkül foglalta el Péter székét, hanem első dolgaként Rómában zsinatot hívott össze, amely visszautasította a császár hitvitát tiltó parancsát, és a kalcedoni hitvallás ellenzőit kiközösítéssel sújtotta. Márton pápa erről értesítette a keresztény világ minden püspökét, illetve a bizánci udvart. A dühöngő Konstans bizánci császár azonban nem volt hajlandó az ügyet elnézni vagy akaratából engedni. Először Olympiosz exarchát küldte el Rómába, hogy császári rendeletét érvényesítse a római egyház területén és tartóztassa le a pápát. A küldönc nem tejesítette megbízatását, mert föllázadva császára ellen, Itália önálló uralkodójává tette magát, majd három évvel később, 652-ben elesett Szicíliában az arabok ellen vívott harcban.

Az újabb császári exarcha azonban már könyörtelenül teljesítette császári megbízatását: Róma püspökét letartóztatta, és betegen Konstantinápolyba hurcolta.

A nehéz hajóút végén a szent rabot több órán keresztül a fedélzeten hagyták kikötve, majd három hónapon át kemény börtönfogságot kellett elszenvednie. Barátainak ezt írja: „Már 47 napja nem kapok vizet mosakodásra. Megdermedek a hidegtől és végtelenül gyenge vagyok. Szüntelen vérhasban szenvedek, nem tudok fölegyenesedni. Az étel, amit adnak, utálatos és undorító. Remélem, Isten hamarosan elvisz ebből a világból, és üldözőimet bűnbánó érzületre indítja.” Márton pápát rá akarták venni, hogy fogadja el az egyházi közösséget az eretnek konstantinápolyi pátriárkával.

Mivel ezt határozottan elutasította, a császár levetkőztetve és láncra verve körbevezettette a városban, végül fölségsértés címén halálra ítélte. Majd újabb három hónapi fogság után, a halálos ítéletet száműzetésre változtatva, a megkínzott pápát a Krím-félszigetre, Kherszonészba szállították. Nyilván nem véletlenül. A térségben éhínség pusztított. „A kenyérnek itt csak a nevét ismerik” – írja a pápa.

Mégis, minden nyomorúság ellenére, a krónikák tanúsága szerint Márton pápa a félsziget lakói között térített, és több csodát is tett. Közben tudomásul kellett vennie, hogy Rómában új pápát választottak, illetve hogy „akik valamikor hozzám tartoztak... már arra sem kíváncsiak, hogy élek-e még...” Szenvedése azonban szentté formálta: „Azok ott Itáliában elfelejtettek... én azonban nem szűnök meg kérni Istent, Szent Péter közbenjárására őrizze és tartsa meg őket rendületlenül a katolikus hitben.”

Görög életrajzírója szerint Márton pápa a Krím-félszigeten halt meg 655. április 13-án. A Kherszonész közelében emelt Miasszonyunk templomban helyezték örök nyugalomra, később ereklyéit Rómába szállították. Urunk, Jézus Krisztus! Te előre megmondtad: „ha üldöznek engem, üldözni fognak titeket is”. Kérünk, add kegyelmedet, hogy a vértanú pápa, Szent Márton közbenjárására és példájára halálunkig hűségesek legyünk a hitvallásban, és készséges szeretettel hordozzuk nyomodban keresztjeinket. Aki élsz és uralkodol mindörökkön örökké.
Ámen.